De ruige dwergvleermuis lijkt qua uiterlijk veel op de gewone dwergvleermuis. De ruige dwergvleermuis houdt van een natuurlijke, structuurrijke bosbiotoop. Hij verblijft zowel ’s zomers als ’s winters in boomholten, maar maakt ook wel gebruik van vogel- en vleermuiskasten of houten gebouwen/ gevels. De jachtgebieden liggen in bossen, aan bosranden en vaak boven water.