De watervleermuis is een vaste bewoner van zowel zomer- als winterverblijven in het beekdal en omgeving. ’s Zomers en in de kraamperiode wordt gebruik gemaakt van boomholten, in de winter gaat de voorkeur uit naar ondergrondse verblijven of kelders. De watervleermuis vliegt pas uit als het volledig donker is. Hij jaagt bij voorkeur boven water op voornamelijk dansmuggen maar ook tweevleugeligen, bladluizen, eendagsvliegen, vliesvleugeligen, nachtvlinders en kokerjuffers staan op het menu.